一、常见植物源性有机肥原料
1、秸秆类：常见的原有玉米秸秆、小麦秸秆、豆秸秆、水稻秸秆。含有高的纤维素和木质素等大分子物质，氮磷钾等养分含量较低（除豆科类），单独用这类物料做有机肥的罕见，一般用来增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这类原料比较丰富，价格低廉，但因这些物料多存在农业从事散户手中，大面积收购比较困难，且季节性较强，全年生产需提前备货。
2、粕类：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工产业的下脚料，多为辅料。粕类为原料的有机肥可称得上为高端有机肥，因其多为饲料级，原料成本较高，发酵腐熟不宜控制。
3、菌糠：俗称蘑菇渣、菌包，有金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣等，原料多为酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕及配一些营养元素，菌糠有机质高、富含菌体蛋白、维生素、微量元素及生长素，做有机肥在肥力效果较好。
二、常见动物源性有机肥原料
1、动物粪便：鸡粪、猪粪、牛、羊粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。
2、动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。通常采用的是无公害生物降解法。
三、工业废弃物
1、工业残渣：酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣、木质素渣、乙醇渣等此类原料市场规模较大，地域性强，价格低廉，有机质含量高，含水量普遍在60%以上。使用时注意调和pH、重金属。
2、烟末烟梗：此类物料有机质、养分、糖类都较高，在作为有机肥的主要原料的产品肥力效果好，还有抑制杂菌，抵抗土壤虫害的效果，价格也较低廉。
3、药渣：药渣有阿维菌素渣、头孢渣、泰乐渣、青霉渣，药渣整体上蛋白等其他养分含量较高，价格属于中下等，使用后肥力效果较好，能够抵抗其他有害病菌，但原料流动性较大，稳定货源较少。
4、氨基酸渣：蛋白含量高，多在40%以上，多数有味道也多为湿料，价格中下等，需烘干和晾晒，做成有机肥味道较重，肥力效果好。
四、其他
1、污泥、废水沉淀的污泥：这类污泥虽然也含有大量元素和有机质，但是，重金属也是严重超标，可引发烂根、死树，严重污染土壤，果实人吃后易引发恶性癌变。
2、工业下脚料：这些原料绝大部分存留在下脚料里，它对土壤的破坏很大，对树根的影响很大。
3、风化煤：它属于表观的有机质，不能成为土壤微生物的碳源，风化煤中真正有效成分是腐植酸，但不深加工是无效的有机养分。