1、干燥处理即将粪肥脱水以便于使用，主要有自然干燥法和高温快速干燥法。用阳光照射畜禽粪便进行自然干燥；用高温快速干燥法，用人工烘干法进行烘干。自然干燥法存在二次污染问题，需要占用大量晾晒场地，而高温干燥法则存在温度过高而造成肥效较差的问题。

2.好氧发酵是目前广泛采用的一种好氧发酵方法，采用好氧微生物有氧发酵原理进行有机肥加工制作，使微生物利用畜禽粪便和尸体中的有机质、残留蛋白等，在一定温度、湿度和充足氧气环境状态下，快速繁殖，从而实现对畜禽废弃物有机肥加工制作的无害化处理。

3.沼气发酵：畜禽粪便中有机物含量较高，在一定的湿度、温度(35℃~55℃)和厌氧条件下，通过各种微生物的分解代谢，终形成可燃烧的混合气体，如甲烷和一氧化碳(沼气)，同时杀死粪水中的大肠杆菌、虫卵等。但沼气发酵设备投资大、运行维护费用高、技术要求高等问题。